山野の湿地に生える。ことに、休耕田の群生をしばしば見る。
草丈:80～120cm
茎は四角形で直立し、上部で枝分れする。葉は広披針形で、対生で交互に直角の方向に出る。基部はくさび形で、茎を抱かない。茎や葉、萼は無毛。花は紅紫色で葉のわきに3～5個集まって穂状につく。花弁は4～6枚。萼は筒状で先端は6裂し、裂片の間には針状の付属片が付き、横に開く。エゾミソハギは全体に毛が生えていることと、葉が茎を抱く。
ミソハギの和名の由来はハギに似て禊(みそぎ)に使ったことから禊萩、または溝に生えることから溝萩によるといわれる。